Existe un Comité Federal que es el máximo órgano de dirección, ejecutivo y de coordinación de la FSAI entre Congresos y estará compuesto por el:
- Secretario General de la FSAI
- Viicesecretario de la FSAI.
- Coordinador General de la FSAI.
Las Secretarias de la FSAI son:
- Secretaria de Administración de la FSAI.
- Secretaria de Acción Sindical de la FSAI.
- Secretaria de Normativa y Seguridad Aérea de la FSAI.
- Secretaria de Comunicación de la FSAI.
- Secretaria de Organización de la FSAI.
- Secretaria de Asuntos Internos y Auditorias de la FSAI.
Cualquier otra Secretaria que los Órganos competentes de la FSAI acuerden crear para el mejor funcionamiento de ésta.