Las Secretarias de la FSAI son:
- Secretaria de Administración de la FSAI.
- Secretaria de Acción Sindical de la FSAI.
- Secretaria de Normativa y Seguridad Aérea de la FSAI.
- Secretaria de Comunicación de la FSAI.
- Secretaria de Organización de la FSAI.
- Secretaria de Asuntos Internos y Auditorias de la FSAI.